Głównym minusem pompy ciepła gruntowej stanowi niestety koszt początkowy inwestycji, wynoszący w niektórych przypadkach nawet dwa razy więcej niż instalacja powietrznej pompy ciepła. W przypadku decyzji o poziomego kolektora gruntowego w orientacji poziomej, minusem będzie też konieczność zagospodarowana na te potrzeby dość dużej powierzchni działki.